Au moment de son inauguration en 1966, l'autoroute Bonaventure a repris un nom utilisé abondamment dans le secteur depuis plus de 150 ans.L'emplacement de l'ancienne gare Bonaventure, remplacée aujourd'hui par la Place Bonaventure, marque l'extrémité de l'autoroute. Au XIX siècle, le nom de Saint-Bonaventure désignait toute la portion de l'actuelle rue Saint-Jacques située entre la rue McGill et la place Saint-Henri. Certaines sources mentionnent que ce nom rappellerait Julie-Catherine Lejeune dite Bonaventure.Selon un document administratif de la Ville daté du 25 octobre 1965 qui traite de la désignation de l'autoroute, «Le sous-comité de la Toponymie lui a choisi le nom de Bonaventure, non pas nécessairement parce qu'elle conduit à la place Bonaventure, à l'angle des rues University et De La Gauchetière, mais parce que ce nom invitant semble s'identifier à Montréal».